À Carthagène, la capitale du Nouveau-Coronado, la situation est plus instable que jamais. La Couronne a mis en vente la colonie qui lui apporte plus d'ennuis que de richesses et alors que les tractations approchent, une série de meurtres défrayent la chronique. Chargé de l'enquête, Ferran ne veut pas croire à la responsabilité des fées, créatures du folklore autochtone. De l'autre côté de la péninsule, le juge-maje dévoyé Ochozias se laisse entraîner dans une quête improbable.

Avec Souveraine du Coronado, Emmanuel Chastellière conclut une trilogie commencée avec L'Empire du Léopard et poursuivie dans La Piste de Cendres. Chaque tome, dont l'intrigue se déroule une vingtaine d'années après celle du précédent, peut se lire de manière indépendante car le contexte politique a évolué et le lecteur qui s'est déjà aventuré au Coronado ainsi que le novice doivent découvrir la situation en même temps. Néanmoins, on retrouve certains personnages, il y a des mentions d'événements qui se sont déroulés dans les autres volumes qui prennent toute leur saveur quand on sait à qui ou quoi elles font référence. Comme l'auteur prend en compte le temps qui passe, les trois livres ont chacun une ambiance différente: petit parfum d'aventures à base de conquistadors et d'empire qui résiste encore à l'envahisseur dans le premier, du western tendance zapata dans le deuxième et ici, on retrouve un peu de l'atmosphère de L'Empire du Léopard lors des chapitres où l'on suit Ochozias mais il y a aussi une enquête policière sur fond d'instabilité politique: le Nouveau-Coronado est à vendre mais la population locale pourrait en profiter pour se soulever et reprendre son indépendance une bonne fois pour toutes.

On fait la connaissance de protagonistes dont le passé tourmenté se dévoile peu à peu. Ferran, bien qu'indigène, s'est enrôlé dans la police mais est bien conscient qu'il a peu de poids pour améliorer les choses pour son peuple, Ochozias se lance dans une entreprise folle alors que ses jours sont comptés. Autour d'eux gravitent des personnages comme Denna ou Coré qui ont aussi leurs secrets et le point fort de Souveraine du Coronado réside dans sa capacité à surprendre régulièrement. À mesure que l'on avance dans l'intrigue, on change de perspective, on se focalise sur des personnages que l'on pouvait croire secondaires.

Les pouvoirs des antagonistes se font attendre avant de donner leur pleine mesure mais s'avèrent terrifiants une fois relâchés. Les "fées" auxquelles Ferran rechigne à croire n'ont rien d'enchanteur et bien que l'on prenne soin de les doter d'un point faible, encore faut-il avoir l'occasion de l'exploiter.

Parfois épique dans ses scènes d'action régulières, parfois inquiétant quand la magie prend l'ascendant, Souveraine du Coronado clôt de belle manière cette trilogie consacrée à une colonie bien maltraitée.